دانه‌های قهوه (که در واقع دانه نیستند) به طور طبیعی حاوی کافئین هستند. اگرچه یک جرعه کافئین دقیقاً همان چیزی است که بسیاری از مردم هنگام نوشیدن یک فنجان قهوه به دنبال آن هستند، اما می‌توان دانه‌ها را پردازش کرد تا بیشتر محرک آن حذف شود و نوشیدنی‌ای ایجاد شود که بتوان شب‌ها بدون از دست دادن خواب از آن لذت برد.
چندین روش مختلف برای از بین بردن کافئین دانه‌ها وجود دارد که همگی در حالی که دانه‌ها هنوز سبز هستند انجام می‌شوند. بدون کافئین کردن اغلب با قهوه کم طعم‌تر مرتبط است زیرا حذف تنها کافئین و نه هیچ یک از مواد شیمیایی طعم‌دهنده متعدد، کمی دشوار است و دانه‌های بدون کافئین به طور بدنامی برای برشته کردن مناسب نیستند.
متداول‌ترین روش‌های بدون کافئین کردن شامل حلال‌های شیمیایی، معمولاً استات اتیل یا متیلن کلرید است. در روش مستقیم، دانه‌های قهوه بخارپز می‌شوند و سپس با حلال شیمیایی به طور مکرر شسته می‌شوند تا کافئین را از بین ببرند. در روش غیرمستقیم، عامل شیمیایی هرگز دانه‌ها را لمس نمی‌کند بلکه آب حاوی کافئین که دانه‌ها برای ساعت‌ها در آن خیس خورده‌اند را تصفیه می‌کند. پس از حذف کافئین از آب با حلال، محلول طعم‌دار دانه به دانه‌ها بازگردانده می‌شود تا بسیاری از روغن‌ها و طعم‌ها دوباره جذب شوند. در هر دو فرآیند، حلال‌ها از دانه‌های سبز شسته یا تبخیر می‌شوند و در هنگام برشته کردن بیشتر تبخیر می‌شوند، به این معنی که فقط مقدار بسیار کمی (که برای مصرف بی‌خطر تشخیص داده شده است) در دانه‌های بدون کافئین خریداری شده وجود دارد.
روش دیگری که به عنوان فرآیند آب سوئیس شناخته می‌شود، تنها بر اساس آب و فیلتراسیون کربن است. دانه‌های قهوه ابتدا در آب داغ غوطه‌ور می‌شوند تا کافئین و اجزای طعم‌دار خود را استخراج کنند. سپس دانه‌های اولیه دور ریخته می‌شوند و آب غنی از طعم حاصل (که «عصاره قهوه سبز» نامیده می‌شود) از یک فیلتر کربن عبور می‌کند که اندازه آن برای جذب تنها مولکول‌های بزرگ کافئین طراحی شده است. سپس عصاره قهوه سبز بدون کافئین برای شستشو و فیلتر کردن دسته بعدی دانه‌ها استفاده می‌شود. بنابراین کافئین بدون استفاده از عوامل شیمیایی و بدون از دست دادن بسیاری از اجزای طعم‌دار خود از دانه‌ها فیلتر می‌شود. این روش اصلی مورد استفاده برای بدون کافئین کردن دانه‌های قهوه ارگانیک است.
سرانجام، روش دی اکسید کربن فوق بحرانی که به طور علمی نامگذاری شده است، از دی اکسید کربن (CO2) در دماها و فشارهای بالا برای عمل به عنوان یک گاز و یک مایع استفاده می‌کند. این CO2 فوق بحرانی مانند یک گاز به درون شکاف‌های دانه‌های قهوه می‌رسد اما مانند یک مایع کافئین را حل می‌کند. پس از خیساندن دانه‌ها در آب (فرآیندی که ساختارهای سلولی را منبسط می‌کند و استخراج مولکول‌های کافئین را آسان‌تر می‌کند)، آنها برای چند ساعت در معرض CO2 فوق بحرانی قرار می‌گیرند. CO2 کافئین دار مایع می‌شود و تبخیر می‌شود و سپس دانه‌ها پردازش می‌شوند. از آنجایی که این روش کربوهیدرات‌ها و پروتئین‌ها را دست نخورده باقی می‌گذارد، تغییرات طعم به دلیل بدون کافئین کردن کمتر است.